In der "staatenlosen" Zeit nach dem Tod von Iwan dem Schrecklichen begannen die Bojaren mit dem kranken und schwachen Fjodor einen offenen Kampf um die Macht. Der stärkste von ihnen war der ehemalige Oprichnik Godunov. Nach dem Tod von Theodore versammelte Patriarch Hiob einen Zemsky Sobor, um einen neuen Herrscher zu wählen. In dieser Kathedrale versammelten sich der Rat des Patriarchen, die Bojarenduma und die Dienstleute und Vertreter der Handels- und Industriebevölkerung Moskaus. Die wahrscheinlichsten Kandidaten waren zwei Personen: der Schwager des Zaren Boris Fyodorovich Godunov und der Cousin von Zar Fyodor, der älteste Sohn von Nikita Romanovich - Fyodor Nikitich Romanov.
Die Regierungsjahre von Boris Godunov fielen in eine schwierige Zeit in der Geschichte des russischen Staates. Dies war die Zeit von 1598 bis 1605. Tatsächlich war der zukünftige Zar bereits unter dem kranken Sohn von Iwan dem Schrecklichen, Fjodor, an der Macht.
Boris Godunovs Regierungszeit begann zweideutig. Im Februar 1598 bot der Rat Boris den Thron an, aber er lehnte ab. Damit er zustimmte, wurde eine religiöse Prozession zum Jungfrauenkloster organisiert, wo Boris mit seiner Schwester wohnte. Der zukünftige König musste der Thronbesteigung zustimmen. Daher war die Wahl von Godunov populär. Allerdings gleichzeitiges wurde angenommen, dass er heimlich zu Drohungen und Bestechung gegriffen hatte, um dies zu erreichen.
Boris heiratete das Königreich erst am 1. September, überzeugt von der Stärke der Volkswahl. Die Regierungszeit von Boris Godunov war während ihrer gesamten Länge durch äußerste Vorsicht gekennzeichnet. Er hatte Angst vor Machtanschlägen und eliminierte alle ihm verdächtigen Bojaren. Sein wirklicher Rivale war nur Fedor Nikitich Romanov, wodurch alle Romanovs wegen Verschwörung gegen den Souverän vor Gericht gestellt wurden. Die Bojaren mochten den Zaren nicht und betrachteten ihn als Nachfolger des Schrecklichen mit seiner Verfolgung des Adels.
Boris Godunovs Herrschaft war eine Fortsetzung von Fjodors Politik, oder besser gesagt, was Godunov unter ihm tat. Er versuchte auf jeden Fall, das Wohlergehen der Menschen wiederherzustellen, das in der Ära von Grosny verletzt wurde. In der Außenpolitik bemühte er sich, Zusammenstöße zu vermeiden, neue Kriege zu unterlassen. Ihm lag die Stärkung der Justiz am Herzen, er wollte ein guter Souverän für das Volk sein. Er gab dem einfachen Volk wirklich viele Vorteile. Drei Jahre in Folge, ab 1601, kam es zu Ernteausfällen, die zu massiven Hungertoten führten. Boris organisierte eine kostenlose Verteilung von Brot an die Hungrigen aus der königlichen Schatzkammer und errichtete große Gebäude in der Hauptstadt, um den Menschen ein Einkommen zu verschaffen.
Die Herrschaft von Boris Godunov wurde von Hunger und Raub begleitet, aber das war nicht seine Schuld. Dies trug jedoch zur wachsenden Unzufriedenheit mit dem König bei. Der Hungersnot folgte ein zweites Unglück – ein Volksaufstand für den selbsternannten Zarewitsch Dmitri. Während dieses Kampfes BorisGodunov starb unerwartet (1605).
Godunov misst der europäischen Bildung große Bedeutung bei. Der König kommunizierte mit ausländischen Spezialisten auf dem Gebiet der Technologie und Medizin und nahm sie bereitwillig in den öffentlichen Dienst auf. Er schickte junge Leute ins Ausland und plante, Moskauer Schulen auf ausländische Weise zu arrangieren. Er bildete nach ausländischem Vorbild eine militärische Abteilung aus Deutschen. Unter Godunov fühlte sich die Moskauer Regierung eindeutig zu engeren Kontakten mit dem aufgeklärten Westen und der Aneignung europäischen Wissens hingezogen.
So wird die Regierungszeit von Boris Godunov von den meisten Historikern kurz beschrieben. Viele bezweifeln, wie legal er an die Macht kam, und glauben, dass sein Werk die Ermordung des jüngsten Sohnes des Schrecklichen, Zarewitsch Dmitri, in Uglitsch war.
